سلام
AHCI:
- قابلیت Hot-plug داره.
- قابلیت پشتیبانی از NCQ داره.
- تکنولوژی جدیدتری هست.
- ...

بعد از تغییر بین AHCI و IDE باید ویندوز رو دوباره نصب کنید. (البته یه راههای دیگه هم اره)